Het bestuur van de Stichting 'Bevrijdingsmuseum Zeeland' stuurt het museum aan, de directe dagelijkse leiding ligt bij de beheerder/directeur van het museum.

Het museum is in de eerste instantie een platte organisatie. Het lijkt snel duidelijk te zijn wie waar zijn verantwoording moet afleggen. Binnen het museum is het zo dat de beheerder/directeur (1 Fte)  het aanspreekpunt is voor de vrijwilligers, en de verscheidende projectgroepen en de vriendenvereniging. De beheerder/directeur heeft alle beslissingsbevoegdheid op het terrein van het vrijwilligersbeleid, administratieve taken, de collectie en de tentoonstellingen. De beheerder moet alle beslissingen die verder gaan dan de directie/conservatorstaken bespreken met het algemeen bestuur alvorens hij/zij deze uitvoert.

Sinds januari 2008 heeft de belastingdienst de Stichting ‘Bevrijdingsmuseum Zeeland’ aangemerkt als Algemeen Nut Beogende Instelling (ANBI). Dit houdt in dat het museum geen winstoogmerk heeft en dat het van maatschappelijk nut is. Particulieren of bedrijven kunnen dus giften aan het museum doen die aftrekbaar zijn voor de inkomsten- of vennootschapsbelasting.